В тот момент, когда в феврале 1937 г. в Испании началась гражданская война, штаб-квартира испанской футбольной ассоциации находилась в Барселоне. В июне франкисты создали альтернативную организацию в Сан-Себастьяне и провозгласили ее единственным правомочным футбольным союзом Испании.

ФИФА оказалась перед нелегким выбором, который усугубляло еще одно обстоятельство: по Европе начала разъезжать команда Басконии, области, беженцам из которой активно помогал СССР. В ноябре 1937 г. баски прибыли в Мексику, причем ФИФА, правда, в результате вмешательства правительства «Страны басков» (Эускади), санкционировала проведение их матчей с местными командами. В 1938 г., когда баски вознамерились отправиться в турне по всей Южной Америке, проблема встала с новой остротой.

Стремясь снять напряжение, мексиканская футбольная ассоциация заявила о готовности взять команду из Басконии под свое крыло. Международному футболу грозили хаос и попрание принятых норм.
Чиновники из ФИФА вознамерились встретиться с представителями обеих испанских ассоциаций.

Посланник профашистской организации воспользовался случаем для того, чтобы гневно осудить «международное признание» басконской команды. Тем не менее Международная федерация постановила не применять к баскам никаких санкций, сочтя, что нежелание возвращаться во франкистскую Испанию не может быть основанием для дисквалификации. Надо сказать, что на родину возвратились только двое из отправившихся в Южную Америку восемнадцати игроков.

Поддерживая отношения одновременно с двумя испанскими ассоциациями, ФИФА, по сути, делала беспроигрышную ставку, ожидая окончания гражданской войны, и при этом, как кажется, все же стремилась выразить свою приверженность принципам свободы и демократии.

Однако в конце войны итальянец Мауро, уже давно поддерживавший франкистский футбольный союз, все-таки добился от своих коллег его официального признания. В итоге кризис, так или иначе, был преодолен, и ФИФА вновь стала придерживаться основополагающего правила: только одна ассоциация вправе представлять ту или иную страну.