Когда Германская футбольная ассоциация решила создать Бундеслигу в качестве общенациональной профессиональной футбольной лиги, мюнхенская «Бавария» находилась на непривычном для себя втором месте в своей региональной лиге. Удрученный неспособностью команды подняться вверх в первый же год. председатель правления Вильгельм Нойдекер пригласил в команду известного тренера из Югославии Златхо Чайковски, чтобы тот создал команду, способную пробиться в Бундеслигу. Остов новой молодой команды составили новые игроки — Зепп Майер, Франц Беккенбауэр и Герл Мюллер. «Бавария» буквально ворвалась в Бундеслигу в 1965 г., втором году ее существования. С этого момента «Бавария» является наиболее успешным клубом Лиги, выигравшим ее целых 13 раз.